El caso es que sí se puede, con CMDOW y batch.
Te descargas el CMDOW (pregunta a SAn Google).
Lo pegas en C:\Windows\System32\
Le das a Inicio > Ejecutar
Escribes "cmd"
Y ahí escribes "cmdow "AQUI EL TITULO DE LA VENTANA" /HID & exit"
En el caso de Firefox, ahora mismo, en mi caso sería así:
cmdow "Responder al mensaje - CPH hacking and security - Mozilla Firefox" /HID & exit
Y desaparece la ventana.
Para hacer que vuelva a aparecer (en este mismo caso):
cmdow "Responder al mensaje - CPH hacking and security - Mozilla Firefox" /VIS & exit
Solo hay que cambiar el HID por un VIS.
Eso sí, como la ventana estará escondida, tendrás que memorizar el peazo título de "Responder al mensaje - CPH hacking and security - Mozilla Firefox"
Salu2