Eso es porque wait puede ser de algo distinto, algún comando que hay que descargar y tal.
Lo mejor sería que fuera así:
@echo off
cmdow @ /HID & rem ^<---------------------------- descárgate el cmdow para que sea invisible
:cadacincosegundos
set segundo=%time:~6,2%
set /a cincosegundos=%segundo% + 5
If %cincosegundos% GEQ 60 goto esperar
:accion
If not %time:~6,2% GEQ %cincosegundos% goto accion
shutdown -a & rem ^< --------------------------------------- Aquí el comando.
goto cadacincosegundos
:esperar
ping -n 7 localhost > nul
goto cadacincosegundos
reo que sería así para que cada cinco segundos se ejecute el shutdown -a
mmm lo de l cmdow estaria mal, la cosa es q el no solo quiere ocultar la ventana del script sino que quiere q el shutdown tambien se ejecute en segundo plano...
seria asi:
cmdow "Apagar el sistema" /HID
otra forma de ese code seria:
@echo off
set seg=0
:menu
set a=%time:~9,11%
if %a%==00 (set /a seg=%seg%+1 && goto sec)
if %seg%==5 (set seg=0 && echo 5 segs && pause )
rem ----en la linea anterior modifica "echo 5 segs && pause" por el comando que quieras----
rem ----en la linea anterior modifica en el if donde dice "==5" por la cant de tiempo que quieras
goto menu
:sec
set a=%time:~9,11%
if not %a%==00 (goto menu)
goto sec
usa cmdow "Apagar el sistema" /HID cuando mandes el comando shutdown.