Dejame ver si entendi! :

Quieres hacer un sistema para que cuando el usuario se valla a registrar ponga la contraseña dos veces para ver si coinciden, y si coiciden se regista... es eso no???
Si es eso solo pones otro campo de formuario contraseña como:
<input name="pass2" type="password" size="20" maxlength="200" />
Lo pones adentro del formulario de registro... luego en el documento que lee las contraseñas, nombre de user, etc..
Pones algo asi
$pass2=$_GET['pass2'];
Esa variable
pass2 toma el valor del campo
pass2, donde dice het debes fijarte que metodo usa!
Luego antes de hacer todas las operaciones con la db
Pones algo asi
if (pass1=pass2)
{
operaciones con la db que estan en el documento...
}
else
[
echo 'escribe de nuevo las contraseñas!!';
}
Algo asi por el estilo es lo que debes haber

, en donde dice pass1 lo cambias por la variable de la primera contraseña!!

Si tienes otra duda me dices!!

salu2