Yo utilizo y te recomendaria bastante un programa llamado "ConvertXToDVD" es muy sencillo de utilizar e intuitivo, solo necesitas los subtitulos en formato srt y un poco de paciencia para que termine de codificarla y tendras tu dvd con subtitulos que podras seleccionar desde el dvd player.
Para que cheques el programa, aca te dejo un link en donde te explican un poco mas detalladamente y de donde te podras bajar el programa.
Para ver este enlace Registrate o Inicia Sesionhttp://elperla.blogspot.com/2008/01/convert-x-to-dvd-poner-subtitulos.html