Existe una área de la criptografía que se llama esteganografía y entre otras cosas se encarga de encriptar archivos y carpetas, en este
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vienen algunos programas que hacen eso, te recomiendo enigma si lo que buscas es algo casero, si requieres de algo ya de mayor riesgo ( en una oficina por ejemplo ) te recomiendo que busques el steganos, es una herramienta muy poderosa pero $$$ este es el
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espero te sirva...
saludos...