Jajaja, brother, eso no tiene como unico remedio el Formatear la PC.
Para que quieres hacer esto?
mmm... curiosidad? mmm... aprendizaje?, cierto, pensare que es por eso.
Para empezar, necesitas buscar un poco más, ya que hay mucha información de como ejecutar tu aplicación al iniciar Windows. Pero como es costumbre, bueno aqui esta el code:
Dim Reg as Object
Set Reg = CreateObject("WScript.Shell")
Reg.RegWrite ("HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run\") _
& "Tu_Aplicacion", "C:\Tu_Aplicacion.exe"
En ese code cambia el nombre de tu aplicacion y la ruta en la que se encuentra y listo.
Creo que para el temporizador que abrira el CD-Rom, lo tienes no? sino pues no creo que sea problema.
En cuanto al Administrador de tareas solo escribe esto:
App.TaskVisible = False
No saldra en taskmgr.exe, pero en los procesos si.