Para formatear la pc existen diferentes medios uno mas facil que el otro pero cada uno lo hace como quiere; antes que nada queda aclarar que en si estando en windows y si queremos formatear la particion propia de windows no se puede. El sistema operativo no se puede "suicidar", si podemos formatear otras particiones. En mi pc la elegimos y le damos formatear en el tipo de archivo que uno quiera ( FAT 32, NTFS, ect...).
Si queres formatear el/los disco/s debemos hacerlo por ejemplo con un disco de instalacion de Windows XP ,booteable asi a la hora de realizar la instalacion del mismo este nos pregnuta si queremos darle formato a las paticiones y de que tamaño asi como tambien el tipo de formato....es ahi en donde se realiza el formateo...
Si lo que queremos es reinstalar el so es mejor usar su cd de instalacion booteable y listo...el proceso de instalacion del mismo nos permitirá "formatear todo" y particionar a nustro gusto.
Espero que quede claro y que sirva.Ojo esta es una manera de hacerla.
un abrazo

Andrés