para personalizarlo de raiz?
yo uso N-Lite + frameswork que se requiere..
este soft te crea una copia del cd de windows que quieras modificar, en 8 pasos configurar todo lo que quieras que se instale de windows, desde interfaz, configuraciones, accesos, herramientas, etc...
ademas este mismo trae un asistente de grabacion lo cual te facilita aun mas la cosa...

áhora para personalizarlo de escritorio, ventanas, menu y otras suertes
el programa que recomienda arkangelcrow astonshell, tambien lo e probado y e jugado con un gran numero de themes.. muy bueno
saludos