En si primero tienes que crear un disco de inicio win 98, en
Inicio - panel de control - agregar o quitar programas - crear disco de inicio
luego debes arrancar desde el floppy con ese disco luego de reiniciar y ahi tiene las opciones de compatibilidad con cd rom o sin ella depende de donde pondras el instalador del win 98, luego cuando estas cargado la a:/ escribes FORMAT/Q/S C:\ es decir formatear con formato rapido y copiar archivos de sistema, luego confirmar con una s y listo, luego cargar de nuevo el sistema.
Ahora si quieres hacer un formato completo seria FORMAT/U/S C:\ las opciones se dan si pones FORMAT/? para ubicarte.
Ahora si quieres desparticionar y formatear el disco duro tienes el comando FDISK ya colocaron un manual del MS DOS buscalo en el foro para que te ubiques.
Tb hay aplicaciones que te lo particionan y formatean en un momento automaticament
e (ej: Acronis, Partition Magic y muchos otros) eso depende de la marca de tu disco duro para encontrar el utilitario apropiado

saludos!