Mientras que ClamAV es gratis y libre, F-Prot es una aplicación comercial. Ambos funcionan en general actuando de mediadores para prevenir o desinfectar intrusiones de código malicioso en máquinas con Windows conectadas a un server GNU/Linux, aunque también son capaces de detectar los pocos virus existentes para el sistema libre.
Las dos principales alternativas anti-virus para sistemas GNU/Linux han sido puestas a prueba por Linux.com, el cual publicó recientemente los resultados comparativos entre F-Prot y ClamAV. F-Prot detecta 271.336 virus, de los cuales 7 son especÃficos de GNU/Linux, casi nada.
Para realizar el examen se tomaron 4 muestras de virus, F-Prot detectó 3, no detectando nada alarmante en el fichero de extensión txt, el tiempo total fue de 29 segundos. ClamAV detectó los cuatro virus pero tardó mucho más tiempo: 8 minutos.
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